自动引物设计

自动引物设计

用户可以根据其所需的自动引物设计场景，快速完成引物设计，目前支持Gibson组装和PCR扩增场景。

• 用户需要明确自己自动引物设计的场景，系统提供了Gibson组装和PCR扩增两种场景，这些场景可以在选择后在系统中切换，切换时，所有配置需要重新选择

• 在这里需要将场景中用到的序列添加至工具中

• 明确序列中所用到的扩增区域。

• 点击开始自动设计，形成自动设计的引物及产物。

• 可以在产物中查看生成的产物序列，同时可以修改自己所需要的引物名称，并复制单个引物序列。

• 场景中所用到的素材可以直接更换或者调整顺序，或者删除，调整之后需要重新计算才可查看产物和计算后的引物。

• 若设计后未得到合适的结果可以通过引物参数的调整来调整计算结果。

• 对设计的结果满意时，可以直接保存产物及引物至原文件。

引物参数设置及检查规则

用户在使用自动引物设计功能过程中，可以根据需要对引物参数进行调整，目前系统支持的的参数类型包括：

• 引物的最小Tm
• 同源臂长度
• 同源臂最小Tm
• 引物长度
• GC含量 其中，必填参数必须满足，如无法满足则不能生成引物；非必填参数为最佳值的建议，可以按照实际需要进行调整。

自动生成引物时，除了满足设置的参数之外，还会对引物序列进行规则校验，并对引物存在的不匹配规则进行提示。目前系统预置的规则包括：

• 单个碱基连续重复不应该大于三个
• 正反引物直接不应该出现连续四个碱基的互补区域
• 引物自身不能存在连续的四个互补碱基，以防止引物自身会折叠成发夹结构